Mali Stapar se nalazi na 5 kilometara od centra sela Sivca – čijoj mesnoj zajednici pripada i na 10 kilometara nizvodno Velikim Bačkim kanalom od Sombora. Poreklo imena Mali Stapar najverovatnije proizilazi iz činjenice da se na manje od 10 km, atarskim putem, nalazi selo Stapar.